Về nội dung, điều luật cụ thể:
1. Điều 1: Phạm vi điều chỉnh: Hội nghị cơ bản nhất trí với ý kiến quy định phạm vi điều chỉnh của Luật thi hành án hình sự chỉ bao gồm việc thi hành các loại hình phạt. Biện pháp tư pháp bắt buộc chữa bệnh, giáo dục tại xã, phường , thị trấn đưa vào trường giáo dưỡng được thực hiện theo thủ tục hành chính nên không thuộc phạm vi điều chỉnh của luật này. Nguyên tắc chỉ người bị kết án mới phải chịu hình phạt và có án tích. Còn các biện pháp tư pháp áp dụng với người bị tâm thần, người không thuộc diện phải áp dụng hình phạt nên cần được áp dụng theo thủ tục hành chính. Có ý kiến lại cho rằng “phạm vi điều chỉnh của Dự thảo Luật không bao gồm các biện pháp tư pháp mà chỉ quy định về nguyên tắc, trình tự thủ tục thi hành án hình sự; về tổ chức, nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan THAHS; nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan đến thi hành án hình sự. Do đó đề nghị cân nhắc về vấn đề này, vì thi hành án hình sự là thi hành bản án có hiệu lực pháp luật. Những Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính có quy định trong trường hợp vi phạm pháp luật nhưng chưa đến mức phải xử lý hình sự hoặc trong tình tiết được áp dụng biện pháp hành chính như đối với đối tượng trẻ em thì xử lý hành chính, trong trường hợp này phải quy định bằng một văn bản khác, không nên coi đó là thi hành án hình sự. Trong khi đó các biện pháp tư pháp đã được Bộ luật hình sự quy định bao gồm: bắt buộc chữa bệnh, giáo dục tại xã, phường, thị trấn, đưa vào trường giáo dưỡng đều không phải là hình phạt, việc thi hành các biện pháp này đang được thực hiện theo trình tự, thủ tục hành chính. Vì vậy quy định biện pháp này trong Luật THAHS cần cân nhắc để bảo đảm tính thống nhất và phù hợp với BLHS và Bộ luật tố tụng hình sự. Hơn nữa việc quy định Luật THAHS điều chỉnh cả các biện pháp tư pháp vốn không phải là hình phạt dễ gây ra sự định kiến của xã hội với những trường hợp người chưa thành niên bị áp dụng biện pháp đưa vào trường giáo dưỡng ảnh hưởng tới mục đích nhân đạo của Nhà nước ta trong việc thực hiện các biện pháp.
2. Về hệ thống tổ chức Cơ quan thi hành án hình sự: Đa số các ý kiến thống nhất với việc phân cấp quản lý nhà nước về thi hành án hình sự cho Bộ công an giúp Chính phủ quản lý thống nhất công tác thì hành án hình sự là phù hợp với tình hình thực tiễn hiện nay. Việc thành lập cơ quan quản lý thi hành án hình sự và dân sự theo hướng độc lập giao cho Bộ Tư pháp thống nhất quản lý công tác thi hành án theo tinh thần Nghị quyết số 49-NQ/TW của Bộ chính trị là một định hướng lâu dài, cần có them thời gian và bước đi phù hợp với quá trình hoàn thiện hệ thống pháp luật cũng như hệ thống cơ quan tư pháp nói chung.
3. Về tổ chức , nhiệm vụ, quyền hạn của Cơ quan thi hành hình phạt, thi hành biện pháp tư pháp: Do đặc điểm của thi hành án hình sự gồm các loại hình phạt khác nhau nên công tác thi hành án được hình thành trên cơ sở các hình phạt và có sự độc lập giữa các hoạt động thi hành các hình phạt như thi hành án tử hình, phạt tù, phạt tiền, tịch thu tài sản, cải tạo không giam giữ, quản chế vv.v…Mỗi loại hình phạt nói trên đều do một cơ quan, tổ chức có thẩm quyền thi hành với cách thức và phương pháp tổ chức thực hiện khác nhau. Vì vậy mô hình cơ quan thi hành hình phạt, cơ quan quản lý trong lĩnh vực thi hành án hình sự cần phải tính đến đặc điểm này, đồng thời phải xác định mối quan hệ giữa cơ quan thi hành hình phạt với cơ quan quản lý. Dự thảo luật quy định cơ quan quản lý thi hành hình phạt theo 3 cấp (Bộ công an, Bộ quốc phòng, Công an cấp tỉnh, cấp quân khu, tương đương và Công an cấp xã). Tuy nhiên, địa vị pháp lý của các cơ quan quản lý thi hành hình phạt chưa được quy định rỏ, nhất là về nhiệm vụ, quyền hạn cơ cấu tổ chức cụ thể của các cơ quan này trong công tác quản lý, mối quan hệ với cơ quan thi hành hình phạt và cơ quan được giao thực hiện một số nhiệm vụ trong thi hành hình phạt cũng chưa được quy định rỏ ràng trong Dự thảo Luật. Về cơ quan thi hành hình phạt, dự thảo Luật quy định gồm có trại giam, trại tạm giam, nhà tạm giữ, cơ quan quản lý xuất nhập cảnh Bộ Công an, Công an xã, phường, thị trấn (cấp xã).…. Thi hành án hình sự bao gồm việc thi hành các hình phạt khác nhau, trong đó mỗi cơ quan chỉ được giao thẩm quyền thi hành đối với một hoặc một số loại hình phạt cụ thể (Trại giam thi hành hình phạt tù, Ủy ban nhân dân cấp xã thi hành hình phạt cải tạo không giam giữ, quản chế, cấm cư trú…..). Do vậy, nếu quy định theo hướng gọi chung các cơ quan gồm trại giam, trại tạm giam, nhà tạm giữ là cơ quan thi hành hình phạt sẽ không phân biệt được phạm vi thẩm quyền cũng như nhiệm vụ quyền hạn của từng cơ quan này. Đề nghị cơ quan soạn thảo nghiên cứu quy định mô hình tổ chức cơ quan thi hành án hình sự phù hợp với cách thức, phương pháp tổ chức thi hành các loại hình phạt, trong đó cần có sự phân biệt rỏ từng cơ quan thi hành hình phạt về tên gọi, cơ cấu tổ chức cũng như nhiệm vụ, quyền hạn của các cơ quan này, mối quan hệ giữa cơ quan thi hành hình phạt với cơ quan quản lý thi hành hình phạt, nhằm đảm bảo sự chặt chẻ và tính khả thi của Luật.
4. Về tên gọi của cơ quan thi hành án hình sự: Trại giam được thành lập và là tên gọi được sử dụng từ Sắc lệnh số 150/SL ngày 07/11/1950 cho đến nay. Đây là tên gọi đã được sử dụng quen thuộc trong xã hội, gắn liền với tổ chức bộ máy cơ quan thi hành án phạt tù . Do vậy đề nghị giữ nguyên tên gọi của là phù hợp.
5. Về nhiệm vụ quyền hạn của Ủy ban nhân dân cấp xã trong thi hành án hình sự: Việc giao cho ủy ban nhân dân cấp xã chịu trách nhiệm quản lý, giáo dục người chấp hành hình phạt tù nhưng được hưởng án treo, hình phạt cải tạo không giam giữ, cấm cư trú, quản chế, cấm đảm nhiệm chức vụ , cấm làm công việc nhất định là phù hợp. Thời gian qua tuy hiệu quả chất lượng công tác quản lý giáo dục đối với số bị án (nêu trên) của ủy ban nhân cấp xã chưa cao. Tuy nhiên đây là cấp chính quyền cơ sở, nơi trực tiếp quản lý về nhân khẩu đối với người bị kết án nên cần có quy định rỏ ràng đầy đủ về trình tự thủ tục thi hành, trách nhiệm của Trưởng công an cấp xã trong việc tổ chức thi hành các hình phạt nói trên.
6. Về nhiệm vụ, quyền hạn của UBND cấp tỉnh, cấp huyện trong thi hành án hình sự: Đối với số ý kiến nhất trí đưa “ các biện pháp tư pháp” vào phạm vi điều chỉnh của Luật đều thống nhất với Điều 179, Điều 180 của dự thảo Luật.
7. Về hoãn, tạm đình chỉ thi hành án: Cần quy định bổ sung tại các Điều 26 và 34 dự thảo luật trong trường hợp người được hoãn, tạm đình chỉ thi hành án bỏ trốn thì thân nhân của người đó hoặc Công an cấp xã, cơ quan tổ chức được giao quản lý phải thông báo bằng văn bản cho cơ quan thi hành án hình sự Công an cấp huyện để thông báo cho Tòa án đã quyết định hoãn, tạm đình chỉ để biết và có biện pháp giải quyết theo quy định của pháp luật. Cần quy định bổ sung trường hợp bị án tại ngoại bỏ trốn thì cả Tòa án nhân dân đã ra quyết định hoãn, tạm đình chỉ thi hành án và Viện kiểm sát nhân dân cùng cấp đều có quyền yêu cầu Công an truy nã bị án tại ngoại bỏ trốn.
8. Về hình thức thi hành hình phạt tử hình: Đa số ý kiến phát biểu đều thống nhất với hình thức tiêm thuốc độc để phù hợp theo hướng hiện đại và nhân đạo (như báo cáo giải trình tiếp thu, chỉnh lý của Ủy ban Thường vụ Quốc hội). Tuy nhiên cũng có ý kiến cho rằng, cần quy định hình thức xử bắn trong một số trường hợp đặc biệt. Bên cạnh đó cũng có ý kiến đề nghị hình thức thi hành hình phạt tử hình là xử bắn nhằm răn đe giáo dục chung. Ý kiến khác cho rằng: Thực tiễn việc lựa chọn phương thức thi hành án tử hình bằng biện pháp tiêm thuốc độc ở Mỹ đã cho thấy trong trường hợp không tìm thấy ven tĩnh mạch của tử tù sẽ rất khó cho việc tổ chức thi hành án. Mặt khác việc thi hành án tử hình bằng biện pháp này chưa được áp dụng tại Việt Nam. Cần có thời gian để thử nghiệm và có bước đi thích hợp mới có thể áp dụng được. Do vậy đề nghị giữ nguyên hình thức thi hành án tử hình bắng biện pháp xử bắn.
9. Về Giám sát việc thi hành án hình sự (Điều 6): Đề nghị quy định thêm vai trò của Viện kiểm sát trong công tác kiểm sát thi hành án hình sự theo hướng bổ sung thêm: “ Viện kiểm sát các cấp trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình kiểm sát việc tuân theo pháp luật về thi hành án hình sự nhằm đảm bảo việc thi hành án kịp thời, đầy đủ, đúng pháp luật”
10. Về khoản 2 điều 38: Đề nghị bỏ cụm từ “ưu tiên” vì việc xét giảm thời hạn chấp hành án phạt tù, đề nghị xét đặc xá đã có những quy định cụ thể của pháp luật. Do vậy không nên quy định đối tượng ưu tiên giữa các phạm nhân.
11. Điều 62: Đề nghị tại dòng số 5 bổ sung cụm từ “…….trừ trường hợp có căn cứ cho việc đó ảnh hưởng đến an ninh, trật tự, vệ sinh, môi trường……..”
12. Khoản 3, Điều 64 bổ sung thêm cụm từ “Đơn vị Quân đội cấp trung đoàn hoặc tương đương trở lên”
13. Về khoản 5 Điều 140 : Đề nghị thay cụm từ “ tham gia” bằng cụm từ “kiểm sát” cho đúng với chức năng nhiệm vụ của Viện kiểm sát.
14. Về giải quyết khiếu nại trong THAHS (Chương XIII): Điều 184 dự thảo Luật quy định về thẩm quyền giải quyết khiếu nại trong thi hành án hình sự, trong đó không quy định thẩm quyền của Viện kiểm sát trong việc tiếp nhận, giải quyết khiếu nại về việc quản lý, giáo dục người chấp hành án phạt tù là không phù hợp với quy định tại Điều 27 Luật tổ chức Viện kiểm sát. Hơn nữa việc tổ chức thi hành các hình phạt do cơ quan, người có thẩm quyền khác nhau thực hiện, nhưng dự thảo Luật lại quy định nội dung khiếu nại, trình tự, thẩm quyền, thời hạn và giải quyết khiếu nại áp dụng chung cho tất cả đối tượng thi hành các hành phạt khác nhau là không phù hợp. Do đó đề nghị dự thảo Luật cần được hoàn thiện theo hướng quy định rõ về phạm vi thẩm quyền giải quyết, trình tự, thủ tục khiếu nại và giải quyết khiếu nại phù hợp với đối tượng và nhiệm vụ, quyền hạn của từng cơ quan, tổ chức trong thi hành các loại hình phạt, bảo đảm phù hợp với quy định của Luật khiếu nại – tố cáo.
Như Ý