Theo quyết định này, các bộ cơ quan trung ương cần bố trí vốn tập trung, bảo đảm hiệu quả đầu tư. Ưu tiên bố trí cho các dự án quan trọng quốc gia và các dự án lớn khác, các công trình, dự án hoàn thành trong kỳ kế hoạch, vốn đối ứng cho các dự án ODA; đảm bảo thời gian từ khi khởi công đến khi hoàn thành các dự án nhóm B không quá 4 năm, dự án nhóm C không quá 2 năm; không bố trí vốn cho các dự án khi chưa xác định được rõ nguồn vốn.
Đối với các địa phương, tiêu chí phân bổ vốn đầu tư gồm số dân của các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương và số người dân tộc thiểu số. Đồng thời các khoản mục bổ sung có mục tiêu không bố trí đồng đều, bình quân đối với tất cả các địa phương. Tập trung đầu tư cho địa phương có huyện đảo, xã đảo, các đảo có dân, các đảo cần đưa dân ra sinh sống để phát triển sản xuất, làm chủ đảo và vùng biển; hồ trợ các địa phương có điều kiện và yêu cầu cấp bách để phát triển nghể cá xa bờ ở các vùng biển có yêu cầu tăng cường sự có mặt dân sự để làm chủ và quản lý, bảo vệ chủ quyền và lợi ích quốc gia. Ưu tiên hỗ trợ các địa phương nghèo, kimh tế kém phát triển. Đối xã khó khăn nhất, dân số ít, mật độ dân cư thưa thớt, tỉ lệ hộ nghèo, đồng bào dân tộc thiểu số cao; đất rộng, địa bàn hiểm trở, diện tích dất lâm nghiệp trên 80% dất tự nhiên; nhiều thôn bản xa xôi, điều kiện sản xuất phân tán, sản xuất chủ yếu là tự cung, tự cấp, chưa tạo được sản phẩm hàng hóa; hạ tầng thiếu nhiều nhất là đường giao thông nối về trung tâm xã; đời sống dân cư thấp, tỷ lệ hộ nghèo trên 50%, trình độ dân trí thấp, trình độ cán bộ còn yếu thì được ưu tiên đầu tư nhiều hơn và đầu tư liên tục trong 5 năm.
Cũng theo quyết định này, thực hiện mục tiêu đầu tư xây dựng trụ sở UBND cấp xã đến năm 2010 đảm bảo trụ sở UBND cấp xã có đủ điều kiện làm việc, về diện tích và trang thiết bị đáp ứng yêu cầu cải cách hành chính. Từ nay đến năm 2010, ngân sách trung ương hỗ trợ tập trung đầu tư hoàn thành các tuyến đê biển cấp bách xung yếu, bảo vệ các khu dân cư tập trung, các vùng kinh tế trọng điểm, đảm bảo không bị vỡ khi gặp bão đến cấp 12. Ngân sách trung ương hỗ trợ các địa phương trong việc huy động đủ và kịp thời vốn đối ứng nhằm đảm bảo thực hiện đúng tiến độ các dự án ODA của khối địa phương