Lý giải nguyên nhân của sự việc này, ông Phạm Duy Khương (Tổng cục thuế) cho rằng mấu chốt của vấn đề nằm ở chỗ tất cả các hoá đơn do Tổng cục thuế phát hành đều có giá trị và trở thành hàng hoá cho những kẻ xấu lợi dụng. Do đó, để khắc phục tình trạng này, giải pháp lý tưởng nhất là việc thanh toán giữa các DN cần phải thực hiện qua ngân hàng. Có như vậy mới kiểm soát được các chi phí hoạt động, kinh doanh của DN. Tuy nhiên, căn cứ vào tình hình thực tế của Việt Nam ta hiện nay, với thói quen sử dụng tiền mặt còn phổ biến thì biện pháp này xem ra cũng khó đạt hiệu quả. Thay vào đó, các cơ quan chức năng (thuế, cơ quan đăng ký kinh doanh, công an) nên phát huy vai trò quản lý của mình đối với các DN một cách có hiệu quả hơn nữa. Thực tế hiện nay, cơ quan đăng ký kinh doanh và cơ quan thuế mới chỉ quản lý DN trên các sổ sách, giấy tờ, báo cáo tài chính của các DN chứ ít khi đi kiểm tra trực tiếp hoạt động kinh doanh của các DN. Mà một điều dễ nhận biết nhất của các DN “ma” là thường không tiến hành sản xuất, kinh doanh. Sau khi thành lập DN, các “ông chủ” thường bỏ địa điểm kinh doanh mang theo các hoá đơn VAT, thậm chí có trường hợp địa điểm đăng ký kinh doanh cũng là địa chỉ “ma”.
Theo quy định của Luật Doanh nghiệp, thì cơ quan đăng ký kinh doanh có trách nhiệm phải xây dựng, quản lý hệ thống thông tin về doanh nghiệp, cung cấp thông tin cho các cơ quan nhà nước, cho tổ chức, cá nhân có yêu cầu theo quy định của pháp luật. Đồng thời, phải trực tiếp kiểm tra hoặc đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền kiểm tra DN theo những nội dung trong hồ sơ đăng ký kinh doanh. Thế nhưng, hiện nay cơ quan đăng ký kinh doanh mới chỉ xây dựng hệ thống thông tin về DN dựa trên những gì mà các DN báo cáo, đăng ký mà thiếu kiểm tra thực tế. Cho nên, mới có chuyện DN ngừng hoạt động cả năm trời mà cơ quan đăng ký kinh doanh không hề hay biết. Thậm chí có trường hợp, khi có cơ quan nhà nước đến liên hệ về tình hình hoạt động của DN, cơ quan đăng ký kinh doanh đã chỉ sang cơ quan thuế để hỏi.
Sự thiếu kiểm tra thực tế này được lý giải bằng nhiều lý do khác nhau như : thiếu cán bộ, cơ quan không có chức năng điều tra nên những vụ việc vi phạm đều phải chuyển cho cơ quan công an để xác minh, sự phối hợp giữa các ngành còn nhiều hạn chế. Những lý do mà các cơ quan quản lý DN nêu ra xem chừng không được thuyết phục cho lắm vì như trên đã nói luật quy định trách nhiệm, quyền hạn cho các cơ quan này khá rõ ràng. Những khó khăn, hạn chế chỉ là nhất thời và không phải là không thể khắc phục được. Nếu như cơ quan đăng ký kinh doanh, cơ quan thuế và cơ quan công an có sự phối hợp tốt với nhau, kiểm tra hoạt động của DN một cách sâu sát hơn, thẻ hiện được hết vai trò quản lý của mình đúng theo quy định của pháp luật thì chắc chắn không chỉ hạn chế được hiện tượng thành lập các DN “ma” mà còn hạn chế được nhiều hiện tượng tiêu cực khác .